Menurut laporan, bayi yang didiagnosis menderita encephalocele memiliki tingkat kelangsungan hidup hanya 55 persen. Prognosis jangka panjang untuk terus hidup dapat berkurang jika ternyata terdapat komplikasi lain, seperti cacat atau sindrom yang terkait atau jika jaringan otak menjulur ke dalam kantung.