Setelah menikah pada Januari 2000, Musk dan penulis asal Kanada Justine Wilson menyambut putra pertama mereka, Nevada Alexander Musk, pada 2002. 

Namun Nevada meninggal karena sindrom kematian bayi mendadak, atau SIDS.

Griffin dan Xaiver Musk
Setelah kehilangan anak sulung mereka, Musk dan Wilson beralih ke IVF. Dia melahirkan anak kembar yang dinamai Griffin dan Xavier Musk pada April 2004. Keduanya kini berusia 17 tahun.

Kai, Saxon dan Damian Musk
Wilson dan Musk lalu menyambut anak kembar tiga lagi kali ini, mereka dinamai Kai, Saxon dan Damian pada Januari 2006. Ketiganya sekarang berusia 16 tahun.