Pada tahun 2000, politisi Israel Ariel Sharon memasuki tempat suci disertai oleh sekitar 1.000 polisi Israel, dengan sengaja mengulangi klaim Israel atas daerah yang diperebutkan sehubungan dengan negosiasi damai yang ditengahi oleh Perdana Menteri Ehud Barak AS dengan pemimpin Palestina Yasser Arafat , yang mencakup diskusi tentang bagaimana kedua belah pihak dapat berbagi Yerusalem. Masuknya Sharon ke kompleks itu memicu Intifada Kedua, di mana lebih dari 3.000 orang Palestina dan sekitar 1.000 orang Israel terbunuh.

Pada Mei 2017, kabinet Israel mengadakan pertemuan mingguannya di terowongan di bawah Masjid al-Aqsa, pada peringatan 50 tahun pendudukan Israel atas Yerusalem Timur, “untuk menandai pembebasan dan penyatuan Yerusalem” – sebuah langkah yang membuat marah warga Palestina.

Israel telah membatasi masuknya warga Palestina ke kompleks itu melalui beberapa metode, termasuk tembok pemisah, yang dibangun pada awal 2000-an, yang membatasi masuknya warga Palestina dari Tepi Barat ke Israel.