“[Memiliki senjata] ukuran pokok waktu itu jadi pejuang atau tidak, sedangkan urusan masuk kesatuan atau barisan mana adalah soal belakangan,” kenang Hoegeng.

Apalagi awal 1946 administrasi pemerintahan Indonesia belum dibenahi dengan baik. Hoegeng resmi diangkat bagian Angkatan Laut tanpa surat pengangkatan dan diberi pangkat Mayor, jabatan komandan, dengan gaji Rp400.

Nazir perintahkan Hoegeng pindah ke Yogyakarta untuk membentuk Penyelidik Militer Laut Khusus (PMLC), semacam Polisi Militer Angkatan Laut. Hoegeng bertanggung jawab kepada Letkol Darwis, Komandan Angkatan Laut Jawa Tengah (Jateng) yang berkedudukan di Tegal.