Karena endoskopi modern memiliki risiko yang relatif sedikit, memberikan gambar yang detail, dan cepat dilakukan, ini telah terbukti sangat berguna di banyak bidang kedokteran. 

Endoskopi berguna untuk menyelidiki banyak sistem dalam tubuh manusia; daerah-daerah tersebut antara lain:

• Saluran cerna: esofagus, lambung, dan duodenum (esophagogastroduodenoscopy), usus halus (enteroscopy), usus besar/kolon ( kolonoskopi , sigmoidoskopi), saluran empedu, rektum (rektoskopi), dan anus (anoskopi)