Setahun kemudian, Jihad Islam Mesir bergabung dengan lima kelompok militan Islam radikal lainnya, termasuk al-Qaeda pimpinan Bin Laden, dalam membentuk Front Islam Dunia untuk Jihad melawan Yahudi dan Tentara Salib.
 

Dia membantu merencanakan serangan teror 11 September 2001 dan dicari sehubungan dengan pemboman kedutaan AS tahun 1998 di Tanzania dan Kenya serta serangan tahun 2000 di USS Cole di Yaman. Pemboman kedutaan menewaskan 224 orang, termasuk 12 orang Amerika, dan melukai lebih dari 4.500 korban lainnya. Serangan terhadap USS Cole menewaskan 17 pelaut AS.
 

Pada tahun-tahun setelah serangan, Zawahiri muncul sebagai juru bicara al-Qaeda yang paling menonjol, muncul dalam 16 video dan kaset pada tahun 2007 – empat kali lebih banyak dari Bin Laden – ketika kelompok itu mencoba meradikalisasi dan merekrut Muslim di seluruh dunia.