Setelah pengakuan di televisi nasional, Khan diampuni oleh presiden saat itu Pervez Musharraf tetapi tetap dalam tahanan rumah selama bertahun-tahun di rumahnya yang megah di Islamabad.

Pada tahun 2006 Khan terkena kanker prostat tetapi pulih setelah operasi.

Pengadilan mengakhiri tahanan rumahnya pada Februari 2009, tetapi pergerakan Khan dijaga ketat, dan dia didampingi oleh pihak berwenang setiap kali dia meninggalkan rumahnya di Islamabad.