Penolakan Bung Karno inilah yang membuat geram para pemuda di Malaysia. Mereka kemudian melempari KBRI Kuala Lumpur akibat ulah Bung Karno. Bersamaan dengan itu, beberapa hari setelah itu Malaysia memutuskan hubungan diplomatik dengan Indonesia pada 17 September 1963. Tak mau kalah, Indonesia juga mengakhiri hubungan dagangnya dengan Malaysia pada 23 September 1963.

“Kenapa Malaysia juga terlibat dalam sejarah bangsa Indonesia? Ini terjadi ketika demonstrasi anti-Indonesia muncul di Kuala Lumpur. Saat itu banyak demonstran yang menyerbu gedung KBRI, merobek-robek foto Soekarno. Tidak hanya itu, beberapa Para demonstran juga membawa lambang nasional Garuda Pancasila kepada Perdana Menteri Malaysia Tuanku Abdul Rahman dan memaksanya untuk menginjak Garuda. Sebagai pemimpin suatu negara, wajar jika Soekarno marah kepada Malaysia, ”tulis Abraham Panumbangan dalam buku The Uncensored of Bung Karno: The Mystery of the Life of the President (2020).

Soekarno yang sangat marah akhirnya melakukan gerakan yang disebut "Ganyang Malaysia". Dalam pidatonya di Yogyakarta, Bung Karno juga mengungkapkan kekecewaannya terhadap Malaysia melalui pidato dengan judul yang sama dengan gerakan yang dibangun "Ganyang Malaysia". Dalam pidatonya itu, ia menilai Malaysia sebagai bajingan yang harus ditepis bangsa Indonesia.

Pukulan dan sikat, jangan biarkan kotoran dan udara kita diinjak-injak oleh bajingan Malaysia itu. Doakan saya, saya akan pergi ke medan perang sebagai patriot Bangsa, sebagai martir Bangsa dan sebagai peluru untuk Bangsa yang tidak mau diinjak-injak oleh harga dirinya. ke seluruh pelosok negeri kita akan bersatu untuk melawan penghinaan ini. Perlakuan ini akan kita balas dan kita tunjukkan bahwa kita masih punya gigi yang kuat dan kita juga tetap punya harga diri, ”kata Soekarno dalam pidatonya.

Sebagai bentuk kebencian yang tak tertahankan terhadap Malaysia, Soekarno sempat menangkap kekecewaannya pada Duta Besar AS, Howard Jones. Bung Karno menuturkan kepada Howard bahwa ia sangat menyayangkan sikap seorang kepala negara yang berani menginjak-injak simbol negara lain.

Namun, Howard tak bisa membantu Indonesia, meski dikenal sangat simpatik kepada Soekarno. Kondisi ini diperparah dengan konflik di tengah-tengah TNI. Selain itu, ada pernyataan Jenderal Ahmad Yani yang tidak akan mengarahkan pasukannya untuk menyerbu Malaysia.