Setelah Nur Mahmudi, kursi presiden PKS diisi oleh Hidayat Nur Wahid. Ia menjabat sejak 21 Mei 2000.

Lewat Pemilu 2004, Hidayat terpilih sebagai anggota DPR RI. Kala itu ia juga dipercaya sebagai Ketua MPR masa jabatan 2004-2009. Atas tugas barunya, Hidayat pun memutuskan mengundurkan diri sebagai presiden PKS pada 11 Oktober 2004.

Tak lagi dipimpin Hidayat Nur Wahid, Sidang Majelis Syuro I PKS yang digelar Mei 2005 menetapkan Tifatul Sembiring sebagai presiden PKS selanjutnya.

Pada Oktober 2009, Tifatul terpilih sebagai anggota DPR RI. Tak sampai sebulan menjabat, ia ditunjuk Presiden Susilo Bambang Yudhoyono sebagai menteri komunikasi dan informatika (Menkominfo).

Saat itulah, Tifatul mengundurkan diri dari kursi presiden PKS.

Dari Tifatul, berpindah ke Luthfi Hasan Ishaaq. Selama Oktober 2009 sampai Juni 2010, Luthfi menjabat sebagai Penjabat Sementara (Pjs) Presiden PKS.